Pep Upで提供している「国税電子申告(e-Tax)用医療費データ」はXML形式のファイルとなり、XML形式専用のアップロード先があります。xls形式もしくはxlsx形式のファイルのアップロードを求められている場合は、アップロード先が違う可能性があります。
ご不明な場合は、国税電子申告・納税システムのお問い合わせ先にご相談ください。
参考
[「国税電子申告(e-Tax)用医療費データのダウンロード」のファイルが文字化けしています]
https://support.pepup.life/hc/ja/articles/360039114451
現在のところ、Pep Upでは xls形式もしくはxlsx形式のファイルのご提供予定はございません。